Labordiagnostische Untersuchungen können erste Hinweise auf einen Ausbruch liefern, wenn sich bei der genauen molekularbiologischen Charakterisierung unterschiedlicher Patientenproben zeigt, dass eine bestimmte Erregervariante mehrfach vorkommt.

Im Bereich der respiratorischen Erreger, die zu Ausbruchsgeschehen führen können, sind vor allem Influenzaviren und andere Viren (z.B. RSV, hMPV, MERS-CoV, SARS-CoV) sowie bakterielle Erreger (z.B. Legionellen, Mycobacterium tuberculosis, Pneumokokken) von Bedeutung. Respiratorische Erreger werden von unterschiedlichen Quellen übertragen. Zum Beispiel werden viele respiratorische Viren sowie der Erreger der Tuberkulose von Mensch zu Mensch übertragen. Aus dem asiatischen Raum sind Übertragungen von Influenzaviren bestimmter Subtypen, wie z.B. A(H5N1) oder A(H7N9), von Tieren (vor allem Geflügel) auf den Menschen bekannt und Legionellen sowie die so genannten nicht-tuberkulösen Mykobakterien werden aus Umweltquellen auf den Menschen übertragen. Ausbrüche durch respiratorische Erreger sind manchmal schwer einzugrenzen bzw. klar zu definieren, zudem werden in manchen Zusammenhängen andere Begriffe verwendet. Im Allgemeinen gilt die gleiche Ausbruchsdefinition wie für andere Erreger auch, nämlich das Auftreten von mehr Erkrankungen in einem bestimmten Zeitraum und Gebiet als üblicherweise zu erwarten wäre.